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Lors de sa création, le nom d'un nouveau taxon ne comporte aucune parenthèse dans la citation d'auteurs. Lorsqu'un systématicien estime que le genre choisi n'est pas le meilleur pour cette espèce (notamment à la suite de la création d'un nouveau genre), il peut décider de transférer ce nom (ici d'espèce) dans un autre genre, ou à un autre rang, etc. Il devient le basionyme (le nom d'origine) d'une combinaison nouvelle (comb. nov.). Dans ce cas, le nom de l'auteur de la combinaison d'origine demeure, mais il est placé entre parenthèses, et la nouvelle dénomination est suivie du nom de l'auteur du transfert[1]. Par exemple :
Boletus badius (Fr. : Fr.) Fr. ;
Xerocomus badius (Fr. : Fr.) Kühner ex Gilbert.
Les termes basionyme (dénotation botanique et mycologique), basonyme (dénotation microbiologique) ou protonyme (dénotation zoologique) désignent le plus ancien nom scientifique accordé à un taxon, celui de sa circonscription ou description princeps (abrégée en D.L. ou D.O., diagnose latine ou diagnose originale, celle qui contient le protologue). « Basionyme » est composé de deux mots tirés du grec, basis, « base » et onoma, « nom », pour désigner le « nom ayant servi de base à la formation d'un autre nom ».
On ne qualifie un nom de basionyme que s'il a fait l'objet d'au moins un transfert, ou s'il est destiné à en faire l'objet. Dans tous les autres cas, il n'est qu'un synonyme « prioritaire » (dont l'épithète pourrait être utilisée dans une éventuelle recombinaison)[2].
Le basionyme est en principe le plus ancien binôme (validement et légitimement publié) donné à une espèce, mais il n'est pas forcément le plus ancien en littérature, car les règles du Code international de nomenclature botanique qui fixent les conditions de validité, de priorité relative, de conservation, etc., interviennent dans le choix du basionyme de chaque combinaison[2].
Noter que le basionyme appartient souvent à un genre ou à une famille qui peut être aujourd'hui très éloignée du genre dans lequel il a été transféré par la suite. Ainsi, la symphorine dont le nom scientifique actuel est Symphoricarpos albus (L.) S.F. Blake, et qui se trouve dans la même famille que le chèvrefeuille (Caprifoliacées) a été décrite à l'origine par Carl von Linné comme appartenant au même genre que la myrtille (Ericacées), sous le nom (devenu basionyme) de Vaccinium album L.!